党中央有关部门，国务院有关部委、有关直属机构，最高人民法院，最高人民检察院，有关人民团体，各省、自治区、直辖市、计划单列市财政厅(局)、科技厅(委、局)，新疆生产建设兵团财政局、科技局，有关单位：

　　为贯彻落实《中华人民共和国会计法》和中央办公厅、国务院办公厅印发的《关于进一步加强财会监督工作的意见》有关要求，推动科学事业单位进一步加强内部控制建设，促进科研水平提升，我们制定了《关于进一步加强科学事业单位内部控制建设的指导意见》，现予印发，请各级各类科学事业单位遵照执行，其他科研项目承担单位涉及科研活动内部控制的参照执行。

　　财政部 科技部

　　2025年11月21日

　　关于进一步加强科学事业单位内部控制建设的指导意见

　　科学事业单位是国家科技创新体系的重要组成部分，承担着基础研究、技术攻关及成果转化等核心职能。为贯彻落实《中华人民共和国会计法》和中央办公厅、国务院办公厅印发的《关于进一步加强财会监督工作的意见》有关要求，推动科学事业单位加强内部控制建设，提高科研管理能力，促进科研水平提升，现提出如下意见。

　　一、总体要求

　　以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，深入贯彻党的二十大和二十届历次全会精神，全面规范科学事业单位的经济活动和科研活动，建立健全科学有效的内部制约机制，有效防控科学事业单位经济活动和科研活动有关风险，全面提升科学事业单位内部管理能力和科研水平，为推动科学事业单位高质量发展、深入实施科教兴国战略提供有力支撑。

　　──坚持党的领导。充分发挥党的全面领导政治优势，把党的领导落实到科学事业单位内部控制建设、实施与评价监督的全过程，确保党中央、国务院重大决策部署有效贯彻落实。

　　──坚持统筹推进。科学事业单位内部控制要确保覆盖各项经济活动和科研活动，贯穿决策、执行、监督全过程，与各类监督有机贯通协调，实现对经济活动和科研活动的高效管理。

　　──坚持风险导向。聚焦科学事业单位重点经济活动和科研活动等高风险领域，查找风险隐患并设置风险清单，建立健全风险评估机制，提出风险应对措施，完善内部控制制度、标准和流程，建立长效机制，突出重点，讲求实效，切实提高内部控制工作的针对性和有效性。

　　──坚持动态优化。科学事业单位内部控制建设应当符合国家有关法律法规规定、科学事业单位发展的实际情况和科学研究的客观规律，并随着外部环境的变化、科学事业单位经济活动和科研活动的调整以及管理要求的提高，不断优化完善内部控制，建立健全科学有效的内部控制体系，推动合规与放权并重，适应新时代的需求。

　　到2027年，基本建立健全权责清晰、制衡有力、运行有效、监督到位的内部控制体系，严肃财经纪律，合理保证科学事业单位经济活动和科研活动合法合规、资产安全和使用有效、财务信息真实完整，有效预防腐败与科研失信行为，提高科研资源配置水平和使用效益，支持科学事业单位高质量发展。到2035年，各科学事业单位内部控制体系更加健全，内部控制推动单位科研能力提升更加有效，为建设科技强国奠定坚实基础。

　　二、主要任务和措施

　　(一) 持续优化科学事业单位内部控制环境。

　　1.建立健全科学事业单位内部控制领导机制。充分发挥科学事业单位党组织在内部控制建设中的领导作用，内部控制相关重要议题应提请党组织决策审议。明确科学事业单位主要负责人是内部控制建设和实施工作的首要责任人，明确领导班子其他成员作为各自分管领域内部控制建设与实施的负责人，将内部控制工作纳入领导班子年度履职清单。

　　2.建立健全科学事业单位内部控制工作机制。成立内部控制领导小组，明确内部控制建设的牵头部门和监督评价部门，监督评价部门应当与建设牵头部门相互分离；科学事业单位内部各部门是本部门内部控制建设和实施的责任主体，部门负责人对本部门的内部控制有效性负责。

　　3.建立健全科学事业单位内部控制制衡机制。完善科学事业单位议事决策机制，明确“三重一大”事项的具体内容和标准，严格履行“三重一大”事项集体决策程序；强化内部控制关键岗位责任制，制定关键岗位职责清单，确保不相容岗位相互分离；实行内部控制关键岗位轮岗制度，明确轮岗周期，对不具备轮岗条件的岗位应当采取专项审计等控制措施；加强内部授权审批控制，明确各岗位办理业务和事项的权限范围、审批程序和相关责任；明确定期对会计资料进行内部审计的办法和程序。

　　4.合理制定科学事业单位发展规划。按照党中央和国家关于科技改革发展的方针政策和决策部署要求制定单位自身的发展规划；加强对发展规划实施情况的评估，根据实际需要对发展规划作出调整的，应当按照规定予以调整。

　　5.强化科学事业单位内部控制文化建设。定期组织科学事业单位领导班子和科研人员学习内部控制知识，开展内部控制典型案例的学习交流，创新方式方法，提高全体科研人员对科研领域共性风险及单位个性风险的认识，持续营造全员参与建设内部控制的良好氛围。

　　6.加强科学事业单位内部控制人才队伍建设。鼓励设立内部控制工作岗位，配备专职工作人员。通过交流研讨、专题培训、案例教学等方式，提升科学事业单位内部控制岗位人员的专业技能和综合素质，为内部控制建设提供人力资源保障。

　　(二) 稳步推进科学事业单位风险评估工作。

　　7.健全完善定期风险评估机制。成立风险评估工作小组或明确开展风险评估的实施部门，至少每年组织一次风险评估，明确风险点，分析风险发生可能性和风险影响程度，确定风险清单，形成书面风险评估报告；充分关注内外部环境变化对风险评估的影响，当外部环境、经济活动、科研活动或管理要求等发生重大变化时，及时对经济活动和科研活动的风险重新进行评估。可根据需要聘请具有专业胜任能力的第三方机构开展风险评估工作。

　　8.强化科学事业单位重点经济活动和科研活动的风险评估。在开展单位层面风险评估的基础上，加强预算、收支、采购、资产管理、建设项目、合同管理等经济活动，以及科研活动重点领域的风险评估工作。定期或不定期向科学事业单位领导班子报送风险评估结果。

　　9.重视科学事业单位风险评估结果应用与风险应对措施。在全面分析科学事业单位内外部环境、管理现状和风险管理水平的基础上，运用风险规避、风险降低、风险分担和风险承受等风险应对策略，通过不相容岗位相互分离、授权审批、归口管理、预算控制、财产保护控制、会计控制、单据控制、信息内部公开等控制方法，实现对风险的有效控制。

　　(三) 健全完善科学事业单位经济活动内部控制措施。

　　10.加强预算管理。认真落实科学事业单位的预算管理主体责任，建立健全包括科研资金在内的预算编制、审批、执行、决算与绩效管理等预算内部管理制度，明确各部门在预算管理中的职责和权限，实施动态监管，确保经费合理规范使用。将零基预算理念全面引入预算管理，打破支出固化僵化格局。规范项目预算编制，确保项目预算与任务、项目目标与经费相匹配。建立健全预算评估评审工作机制，重点加强对项目预算的目标相关性、政策相符性、经济合理性的审核。强化预算刚性约束，坚持“无预算不支出”原则。建立预算编制、执行中的沟通协调机制，加强资源统筹，聚焦单位战略规划和工作计划。落实全过程预算绩效管理，加强事前绩效评估、绩效目标管理、绩效监控、绩效评价及结果应用。

　　11.强化收支管理。健全收入内部管理制度，依法依规组织各类收入，规范各类收费事项，保证收入完整，各项收入应全部纳入单位预算，及时入账，统一核算、统一管理。健全票据管理制度，明确各类票据的申领、启用、核销、销毁等程序和手续。完善项目经费收支管理办法和各关键岗位的职责权限，明确项目负责人是项目经费管理的直接责任人。明确各类支出的关键控制点，按照相关规定开展成本核算；贯彻落实改进完善财政科研项目资金管理等有关政策，建立健全科研人员出国(境)、业务性会议、培训费、差旅费、劳务费及咨询费等管理办法，做到“厉行节约，反对浪费”。按要求提取间接费用，完善间接费用的内部管理办法。包干制科研经费严格遵循包干使用、权责统一的原则，细化明确经费使用负面清单，强化事前承诺与事后公示机制。坚决杜绝套取资金、虚报冒领相关费用、违规列支科研经费等行为，坚决杜绝制度外收支和“小金库”，严禁与合作对象间违规利益输送，规范项目结余资金管理，健全结余资金盘活机制，减少资金沉淀。建立健全债务内部管理制度，完善隐性债务风险管控机制，严禁违规违法举债，及时对账和清偿债务，防范和控制财务风险。健全印签(含密钥、数字证书)管理制度，明确各类印签(含密钥、数字证书)的制作、启用、保管、销毁等程序和手续。

　　12.加强采购管理。建立健全采购内部控制管理制度，明确职责划分与归口管理；落实国家对科研设备、耗材的采购政策；科学划分货物、工程和服务采购项目，根据采购项目特点选择适宜的采购方式，确定采购过程中的关键管控环节，细化采购执行中需求管理、政策落实、履约验收、信息公开等重点环节的控制措施。对采购限额标准以上的对外委托业务应执行政府采购有关规定。

　　13.强化资产管理。健全资产内部管理制度，明确相关部门和岗位的职责权限，强化对配置、使用和处置等关键环节的管控；按规定程序和标准配置资产，强化流动资产、固定资产和无形资产等的管理和利用；落实定期清查盘点与报告制度；规范资产出租出借和处置，推动大型科研仪器设备等资产共享共用，建立健全收费制度，推动低效运转、闲置资产通过多种方式盘活利用，运用全国行政事业单位国有资产调剂共享平台开展资产调剂、共享工作。

　　14.加强对外投资及所属单位管理。严格控制对外投资，明确对外投资的可行性评估和集体决策机制；明确对外投资的可行性研究与评估、决策与执行、处置等各环节的控制措施；加强对投资项目的追踪管理，建立责任追究制度。强化所属单位管理，明确所属单位的职能定位和权限，建立健全对分支机构、下设企业、挂靠非营利机构等所属单位的管理体制机制；采取切实有效措施履行国有资产监管职责，维护国有资产权益，健全国有资产管理监督机制，防止国有资产流失。

　　15.加强建设项目管理。建立健全建设项目内部管理制度、议事决策机制和审核机制；完善建设项目全生命周期控制，按规定程序编制建设项目总体规划及各类申报、审批文件，规范项目必要性和可行性的研究与论证、投资控制与概预算管理、招标、项目施工与价款支付、竣工验收与决算、项目档案管理等；建设项目竣工验收合格后应及时办理资产交付手续，并依据批复的项目竣工财务决算调整账务。加强维修改造基本建设项目过程管理；加强对科研用房等建设项目后续使用效益的监督评估，强化建设资金的投入产出比分析，切实提升科研建设项目资金的使用效益。

　　16.完善合同管理。健全合同内部管理制度，明确合同管理归口部门及各类型合同的具体管理部门；明确对合同进行审查的责任部门、相关内容和标准；规范各类合同的分级分层审批流程、签署权限及程序，加强合同订立、合同用印、合同变更、合同付款、合同验收、合同归档等全过程管理；强化对合同履行情况的跟踪和监控，建立合同台账或合同管理信息系统及清理处置机制，确保合同全面有效履行。

　　17.加强财政专项项目管理。规范立项程序，做好项目评审，建立项目库动态管理机制，严格按财政专项资金管理办法要求用好资金，加强对项目实施过程监控，依规履行项目变更审批手续，建立项目全过程绩效管理机制。

　　(四) 推动加强科学事业单位科研活动内部控制措施。

　　18.加强科研项目分类管理。建立健全针对不同类别科研项目的管理制度和组织实施机制，明确各类科研项目的支持方向、经费使用范围、绩效目标考核机制等内容。

　　19.规范科研项目全过程管理。加强项目立项遴选和审查机制；合理设计项目、课题结构，科学设置项目成果指标；明确项目实施过程的管控要求和职责权限,及时报告项目中期或年度执行、经费到位及使用情况等；建立健全项目中期检查制度,建立督导、限期整改、暂停项目实施等整改措施制度；完善信息公开制度，在符合保密管理要求的前提下，在单位内部公开项目立项、主要研究人员、资金使用(包括外拨资金、结余资金)、大型仪器设备购置以及项目研究成果等情况；完善项目验收准备工作操作指南，全面梳理项目执行情况、经费管理使用情况，切实落实科技报告等成果管理、档案管理、经费审计等方面的具体要求。坚持科研项目及其经费管理“放权”与“合规”并重，强化科研项目经费的监督检查，动态监管经费使用并实时预警提醒，确保经费合理规范使用。

　　20.加强科研成果管理。建立学术论文发表诚信承诺制度、科研过程可追溯制度、科研成果报告制度等成果管理制度。建立健全技术转移工作体系和机制，完善科技成果转移转化管理制度，明确科技成果转化各项工作的责任主体，建立健全科技成果转化重大事项领导班子集体决策制度，优化科技成果转化流程，明确科技成果定价机制，建立健全转化科技成果收益分配制度和激励制度；建立转化过程的动态监督机制，严肃惩戒成果转化过程中的失信或泄密行为。建立健全知识产权管理制度和机制建设，强化全过程知识产权管理，建立有效的知识产权收益激励机制；建立科研人员职务科技成果管理制度，完善知识产权合规使用程序，健全知识产权风险管理制度，建立知识产权纠纷处理机制。

　　21.明确科研项目负责人直接责任。强化科研项目负责人直接责任意识，压实项目执行责任、经费使用责任，严格履行科研合同义务，严禁违规将科研任务转包、分包他人，严守科研伦理规范，守住学术道德底线。

　　22.加强科学数据管理。建立科学数据质量控制体系和科学数据保存制度，加强科学数据分级分类管理，明确科学数据的密级和保密期限、开放条件、开放对象和审核程序等；建立健全涉及国家秘密的科学数据管理与使用制度，加强科学数据全生命周期安全管理。

　　23.健全科研诚信管理。切实履行科研诚信建设的主体责任，将科研诚信工作纳入常态化管理，建立科研活动全过程的科研诚信监督机制，加强科研诚信教育培训。建立健全教育预防、科研活动记录、科研档案保存等各项制度，明晰责任主体，完善内部监督约束机制。制定完善违背科研诚信要求行为的查处、通报和信息共享机制，将严重失信行为纳入单位内部失信记录并报送上级主管部门和所在地省级科学技术行政部门纳入科研诚信严重失信行为数据库，依法依规实施限项申报、限制评奖评优及职称职务晋升等失信惩戒措施。

　　24.加强科技伦理管理。履行科技伦理管理主体责任，建立常态化工作机制，加强科技伦理日常管理，主动研判、及时化解本单位科技活动中存在的伦理风险。根据实际情况，设立本单位的科技伦理(审查)委员会。健全科技伦理监管机制和审查质量控制、监督评价机制，经常性开展单位工作人员科技伦理教育培训，加强对纳入清单管理的科技活动的动态跟踪和伦理风险防控。

　　25.规范科研项目评审与人才评价管理。完善项目发布机制，建立公正、科学、明确的项目评审工作规则，完善评审专家选取使用机制，严格项目成果评价验收和绩效评估，加强对项目成果的真实性审查。坚持评用结合，健全科技人才评价组织管理，根据实际建立人才分类评价指标体系，突出岗位履职评价，完善内部监督机制，并注重发挥同行评议机制在人才评价过程中的重要作用。

　　26.加强合作科研与兼职人员管理。合作科研须按照合同管理的有关要求签订书面合同或协议，明确知识产权归属、成果转化收益机制及保密义务，根据协议完成认定登记，并纳入单位科研项目备案系统，确保法律效力；加强对外拨经费的审查,确保合作单位与项目的相关性以及关联交易的真实性、必要性、公允性，强化对外拨经费形成科研成果的验收审查力度，杜绝以合作名义谋取非法利益；重点监管国内外项目合作与交流，推行科研人员涉外活动备案制度，防范知识产权流失。明确兼职的权利、义务、审批流程管理、取酬管理等内容，实行科研人员兼职公示制度，兼职协议须约定本职优先原则、保密义务及利益冲突回避等关键条款。

　　27.完善学术交流管理。规范科研人员参加国内外学术交流活动的管理流程，强化对学术交流内容、渠道及成果的审核或备案。明确学术会议、技术论坛、合作访问等学术交流形式的审批权限和责任主体，建立事前申报、事中监管、事后评估的全过程管理制度。涉外交流项目应严格执行国家相关规定，落实外事纪律和保密要求，防范技术泄露与利益冲突风险。

　　(五) 逐步提升科学事业单位内部控制的信息化水平。

　　28.充分利用信息化技术手段，加强科学事业单位内部控制建设，注重减轻基层负担，逐步实现管理制度化、制度流程化、流程表单化、表单信息化、信息智能化的建设要求。

　　29.推进内部控制建设融入科学事业单位业务系统。将岗位职责、业务标准、制度流程以及控制措施嵌入各项业务系统中，通过系统予以固化，确保各项业务活动可控制、可追溯，有效防范违规操作。

　　30.加强科学事业单位信息系统平台化、集成化建设。做好统筹规划，减少重复浪费，积极探索打通各类信息系统之间的壁垒，在满足网络安全和保密管理的前提下，保障科学事业单位信息系统互联互通、信息共享,实现各类经济活动及相关业务活动的资金流、实物流、信息流、数据流有效匹配、顺畅衔接。

　　31.加强科学事业单位网络安全与数据安全建设。深入贯彻信息安全登记保护、涉密系统分级保护、数据安全监理要求，加强身份鉴别与授权应用，鼓励嵌入实时监控和预警模块，建立数据分类分级保护制度，保障网络信息存储安全，以及数据的产生、传输和使用过程中的安全，防止内部信息泄露，做好网络安全防护。

　　(六) 强化科学事业单位内部控制评价与监督。

　　32.开展内部控制评价。定期对内部控制体系建立与实施情况进行自我评价，科学评价内部控制的有效性，形成评价报告。可根据需要聘请具有专业胜任能力的第三方机构开展内部控制评价工作，提供内部控制建设服务的第三方机构不得同时为同一科学事业单位提供内部控制评价服务。

　　33.加强内部控制评价结果应用。推动将内部控制评价结果作为职称评定、绩效管理、监督问责等工作的重要依据，提高广大科研人员对内部控制的重视程度。对内部控制评价中所发现的问题，要落实整改责任，及时制定整改措施，完善内部控制制度，实现内部控制工作闭环管理。

　　34.完善内部控制监督的联动机制。进一步加强科学事业单位财会监督工作，将内部控制建立、实施与评价情况与巡视巡察、财会监督、内部审计、纪检监察等其他监督机制有效联动，充分利用党和国家各项监督体系成果，形成监督合力。

　　35.报送内部控制报告。按照财政部门和上级主管部门要求，及时、完整、准确报送内部控制报告，加强内部控制报告审核工作，提高内部控制报告质量。

　　三、保障措施

　　(一) 加强组织领导。各级财政部门、科学技术行政部门和科学事业单位主管部门等要发挥统筹协调作用，加强对科学事业单位内部控制建设的政策指导和督促，确保科学事业单位内部控制建设有效落地。

　　(二) 抓好贯彻落实。科学事业单位要按照本指导意见确定的总体目标和主要任务，结合本单位实际情况，制定工作方案或制度办法、实施细则，明确任务分工，健全工作机制，加大保障力度，层层压实责任，充分利用信息化手段，积极推动内部控制在本单位的落地见效。

　　(三) 强化监督检查。各级财政部门、科学技术行政部门和科学事业单位主管部门要按照各自职责分工，加强对科学事业单位内部控制建立与实施情况的监督检查，针对检查中发现的内部控制问题和薄弱环节，督促科学事业单位及时制定整改措施，建立长效机制，持续优化内部控制体系。加强监督检查结果应用，推动内部控制与预算分配、奖惩机制、责任追究等挂钩，推进内部控制体系在科学事业单位内部见行见效。

　　(四) 加强宣传引导。各级财政部门、科学技术行政部门、科学事业单位主管部门和各科学事业单位要加大宣传教育力度，加强政策指导及业务培训，广泛宣传内部控制建设的必要性和重要意义，积极推广内部控制建设的先进经验和典型做法，引导科学事业单位广大干部职工自觉提高风险防范和权力规范运行意识，为全面推进科学事业单位内部控制建设营造良好的环境和氛围。