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国家税务总局广州市各区税务局，国家税务总局广州市税务局各派出机构，各区城中村改造主管部门：
按照《国务院办公厅关于在超大特大城市积极稳步推进城中村改造的指导意见》(国办发〔2023〕25号)、《广州市城中村改造条例》(广州市第十六届人民代表大会常务委员会公告第34号)要求，为进一步发挥税收职能作用，助力广州市城中村改造高质量发展，推进广州实现老城市新活力和“四个出新出彩”，国家税务总局广州市税务局、广州市住房和城乡建设局联合编写了《广州市城中村改造税收指引》，现印发给你们，请按照执行。
国家税务总局广州市税务局 广州市住房和城乡建设局
2024年10月17日
广州市城中村改造税收指引
2023年7月，国务院办公厅印发《国务院办公厅关于在超大特大城市积极稳步推进城中村改造的指导意见》(国办发〔2023〕25号)，用于指导城中村改造工作开展。2024年3月，广州市颁布《广州市城中村改造条例》(广州市第十六届人民代表大会常务委员会公告第34号)，适用于广州市行政区域内的城中村改造及其监督、管理等活动，广州市城中村改造坚持政府主导、市场运作，规划先行、依法征收，公众参与、共建共治的原则，推进和规范城中村改造，优化城市空间布局，改善人居环境，促进产业转型升级，提升城市品质和城市发展质量。为了发挥税收在广州市城中村改造的职能作用，市税务部门、住建部门在梳理广州市城中村改造方式的基础上，结合《广州市城市更新税收指引(2021年版)》，编写《广州市城中村改造税收指引》。
本指引基于广州市城中村改造“依法征收、净地出让”模式，以改造环节为时间链条、全税种、全周期梳理广州市城中村改造过程中涉及的增值税、土地增值税、契税、房产税、城镇土地使用税、印花税、企业所得税、个人所得税等税收处理规定，用于指导广州市城中村改造的涉税管理。本指引未尽事宜按照税收法律、法规及相关规定执行，今后国家和省市有新规定的按新规定执行。
场景介绍：“依法征收、净地出让”城中村改造模式
根据《国务院办公厅关于在超大特大城市积极稳步推进城中村改造的指导意见》(国办发〔2023〕25号)、《广州市城中村改造条例》(广州市第十六届人民代表大会常务委员会公告第34号)等法规、政策要求，广州市坚持城中村改造“依法征收、净地出让”，多措并举破解城中村改造关键难题。广州市城中村改造主要流程包括：一是前期工作环节。包括：开展前期工作(如城中村改造意愿征询、基础数据调查、征收补偿方案编制)、编制报批详细规划、申报城中村改造年度计划、编制报批城中村改造方案、开展土地储备项目立项等。二是土地征收与出让环节。包括：签订征拆工作相关协议、实施集体土地征收或国有土地上的房屋征收、土地验收入库。三是项目建设环节。包括：立项、出具规划条件、土地供应、开发报建及实施、竣工验收、确权移交。四是资金管理环节。包括：申请专项借款、使用专项借款、成本偿还。该场景涉税环节包括前期工作、拆迁补偿与“通平”、安置房建设与移交、安置房分配、成本偿还、保障房统筹运营。
1 前期工作环节
各区人民政府按照广州市城中村改造相关政策规定，初步选取改造主体,各区人民政府同步组织开展城中村改造意愿征询、基础数据调查、征收补偿方案编制等前期工作。
1.1 提供前期服务的专业机构
一、增值税及附加税费
根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税〔2016〕36号)规定，专业机构受托开展基础数据调查、方案编制、土地勘测定界、征收范围内的国土空间详细规划及相关专项评估编制等，取得的各项收入，应按照相应税目征收增值税。同时按相关规定缴纳城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加。
二、印花税
根据《中华人民共和国印花税法》规定，专业机构提供土地勘测定界服务签订的合同，应按照“建设工程合同”征收印花税。如涉及其他税目的合同，按相应税目征收印花税。
三、企业所得税
根据《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例规定，专业机构受托开展基础数据调查、方案编制、土地勘测定界、征收范围内的国土空间详细规划及相关专项评估编制等取得的各项收入，应计入企业所得税收入总额，发生与取得收入有关的、合理的支出，可在计算应纳税所得额时扣除。
1.2 前期服务委托方
一、增值税
根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税〔2016〕36号)规定，前期服务委托方委托提供前期服务的专业机构提供方案编制，开展基础数据调查等工作，提供前期服务的专业机构开具抵扣凭证给前期服务委托方，前期服务委托方可以作为进项抵扣。
二、印花税
根据《中华人民共和国印花税法》规定，前期服务委托方与专业机构签订的土地勘测定界服务合同，应按照“建设工程合同”征收印花税。如涉及其他税目的合同，按相应税目征收印花税。
三、企业所得税
根据《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例规定，前期服务委托方委托提供前期服务的专业机构提供方案编制，开展基础数据调查等工作，发生与取得收入有关的、合理的支出，可在计算应纳税所得额时扣除。
2 拆迁补偿与“通平”工作环节
城中村改造项目纳入年度计划后，各区人民政府可先行组织开展土地征收前期准备工作。区人民政府为征收主体，与属地镇街、改造主体签订征拆工作协议，明确实施主体、职责分工、征拆工作资金筹措、补偿款支付等事项。
2.1 被征收方与被征收土地、物业承租方
被征收方的土地、房屋被政府征收(收回)，被征收方与被征收土地、物业承租方取得货币补偿。
一、增值税
根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税〔2016〕36号)附件3《营业税改征增值税试点过渡政策的规定》第一条第(三十七)款和《财政部 税务总局关于明确无偿转让股票等增值税政策的公告》(财政部 税务总局公告2020年第40号)第三条的规定，土地使用者将土地使用权归还给土地所有者，以及土地所有者依法征收土地，并向土地使用权者支付土地及相关有形动产、不动产补偿费，免征增值税。被征收方的土地被政府征收(收回)，属于土地使用者将土地使用权归还给土地所有者并取得货币补偿，按规定可免征增值税。被征收土地、物业承租方收取的解除租约补偿等，未提供增值税应税行为，不征收增值税。
二、土地增值税
根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第八条规定、《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》(财法字〔1995〕6号)第十一条规定，对被征收单位或个人因国家建设的需要而被政府批准征收、收回房地产的，免征土地增值税。
三、契税
根据《中华人民共和国契税法》(中华人民共和国主席令第五十二号)第七条第(一)款和《广东省人民代表大会常务委员会关于广东省契税具体适用税率等事项的决定》(广东省第十三届人民代表大会常务委员会公告第86号)第二条第(一)款规定，土地、房屋被县级以上人民政府征收、征用的，选择货币补偿后，重新承受土地、房屋权属，价格不超过货币补偿的，免征契税；超出货币补偿的，对超出部分征收契税。
四、企业所得税
被征收方的建设用地被政府征收、并取得货币补偿以及被征收土地、物业承租方因被征收方提前解除租赁合同而收到违约费用、拆迁补偿费用、搬迁费用等经济利益，符合政策性搬迁规定情形的，根据《国家税务总局关于发布〈企业政策性搬迁所得税管理办法〉的公告》(国家税务总局公告2012年第40号)和《国家税务总局关于企业政策性搬迁所得税有关问题的公告》(国家税务总局公告2013年第11号)规定处理：企业应当就政策性搬迁过程中涉及的搬迁收入、搬迁支出、搬迁资产税务处理、搬迁所得等所得税征收管理事项，单独进行税务管理和核算。在搬迁期间发生的搬迁收入和搬迁支出，可以暂不计入当期应纳税所得额，而在完成搬迁(不超过五年)的年度，对搬迁收入和支出进行汇总清算。
若不适用政策性搬迁规定的，按照《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例、《国家税务总局关于企业所得税若干政策征管口径问题的公告》(国家税务总局公告2021年第17号)第六条的相关规定处理：取得的拆迁补偿收入(含货币或非货币)，按照实际取得收入的时间确认收入，应计入企业所得税收入总额，发生与取得收入有关的、合理的支出，可在计算应纳税所得额时扣除。
五、个人所得税
根据《财政部 国家税务总局关于城镇房屋拆迁有关税收政策的通知》(财税〔2005〕45号)规定，对被拆迁人按照国家有关规定的标准取得的拆迁补偿款，免征个人所得税。
2.2工程施工企业
一、增值税及附加税费
根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税〔2016〕36号)规定，工程施工企业提供建筑物拆除、土地平整、建筑物修缮等服务，应按建筑服务缴纳增值税。同时按相关规定缴纳城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加。
二、印花税
根据《中华人民共和国印花税法》规定，工程施工企业签订的建设工程合同，应按照“建设工程合同”缴纳印花税。
三、企业所得税
根据《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例规定，施工企业从事建筑、安装、装配工程业务等各项收入，应计入企业所得税收入总额，发生与取得收入有关的、合理的支出，可在计算应纳税所得额时扣除。企业从事上述劳务持续时间超过12个月的，按照纳税年度内完工进度或者完成的工作量确认收入的实现。
3 安置房建设与移交环节
按照城中村改造方案，改造主体公司除支付拆迁补偿款以外，还要承担安置房建设工作，一般有两种方式：
模式1：安置房用地划拨给政府指定单位，安置房权属首次登记在政府指定单位名下，改造主体公司作为建设管理单位(或代建单位)。为便于理解，指引中“政府指定单位”以“土地储备机构”为例。
建设工程支出的发票开具有两种情形：情形1，建设工程支出发票开具给改造主体公司；情形2，建设工程支出发票开具给土地储备机构。
模式2：安置房用地划拨给改造主体公司，安置房权属首次登记在改造主体公司名下，改造主体公司作为建设单位。建设工程支出的发票开具给改造主体公司。
除了安置房建设外，如改造主体还承担了改造范围内基础设施项目建设的，其改造模式、税费处理参照安置房项目执行。
3.1 工程施工企业
一、增值税及附加税费
根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税〔2016〕36号)规定，工程施工企业提供建筑物、构筑物及其附属设施的建造、修缮、装饰等服务，应按建筑服务缴纳增值税。同时按相关规定缴纳城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加。
二、印花税
根据《中华人民共和国印花税法》规定，工程施工企业签订的建筑安装合同，应按照“建设工程合同”缴纳印花税。
三、企业所得税
根据《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例规定，施工企业从事建筑、安装、装配工程业务等各项收入，应计入企业所得税收入总额，发生与取得收入有关的、合理的支出，可在计算应纳税所得额时扣除。企业从事上述劳务持续时间超过12个月的，按照纳税年度内完工进度或者完成的工作量确认收入的实现。
3.2 土地储备机构
对于按照模式1(安置房用地划拨给土地储备机构，安置房权属首次登记在土地储备机构名下)，土地储备机构涉及的各税费按以下方式处理：
3.2.1 安置房用地取得和建设环节
一、契税
土地储备机构以划拨方式取得安置房建设地块的国有建设用地使用权，不属于《中华人民共和国契税法》第二条所称的以土地使用权出让或转让的方式转移土地权属，不征契税。
二、城镇土地使用税
《财政部 国家税务总局关于棚户区改造有关税收政策的通知》(财税〔2013〕101号)第一条与《国务院办公厅关于在超大特大城市积极稳步推进城中村改造的指导意见》(国办发〔2023〕25号)第三条关于“符合条件的城中村改造项目适用现行棚户区改造有关税费支持政策”规定，对改造安置住房建设用地免征城镇土地使用税。
《财政部 税务总局 住房城乡建设部关于保障性住房有关税费政策的公告》(财政部 税务总局 住房城乡建设部公告2023年第70号)第一条规定，对保障性住房项目建设用地免征城镇土地使用税。
三、印花税
《财政部 国家税务总局关于棚户区改造有关税收政策的通知》(财税〔2013〕101号)第一条与《国务院办公厅关于在超大特大城市积极稳步推进城中村改造的指导意见》(国办发〔2023〕25号)第三条关于“符合条件的城中村改造项目适用现行棚户区改造有关税费支持政策”规定，对改造安置住房经营管理单位、开发商与改造安置住房相关的印花税予以免征。
四、企业所得税
土地储备机构为政府机关，不涉及企业所得税；土地储备机构为事业单位、社会组织等的，涉及企业所得税。
《国家税务总局关于企业所得税应纳税所得额若干问题的公告》(国家税务总局公告2014年第29号)第一条“(一)县级以上人民政府(包括政府有关部门,下同)将国有资产明确以股权投资方式投入企业，企业应作为国家资本金(包括资本公积)处理。该项资产如为非货币性资产，应按政府确定的接收价值确定计税基础。(二)县级以上人民政府将国有资产无偿划入企业，凡指定专门用途并按《财政部 国家税务总局关于专项用途财政性资金企业所得税处理问题的通知》(财税〔2011〕70号)规定进行管理的，企业可作为不征税收入进行企业所得税处理。其中，该项资产属于非货币性资产的，应按政府确定的接收价值计算不征税收入。县级以上人民政府将国有资产无偿划入企业，属于上述(一)、(二)项以外情形的，应按政府确定的接收价值计入当期收入总额计算缴纳企业所得税。政府没有确定接收价值的，按资产的公允价值计算确定应税收入。”
《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第五十八条第二款、第五款“自行建造的固定资产，以竣工结算前发生的支出为计税基础”、“通过捐赠、投资、非货币性资产交换、债务重组等方式取得的固定资产，以该资产的公允价值和支付的相关税费为计税基础”。
3.2.2 安置房移交环节
一、增值税及附加税费
《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税〔2016〕36号)第十四条、第四十四条规定，土地储备机构将安置房无偿转移登记至原权属人(被征收方)，应按照视同销售的相关规定征收增值税。同时按相关规定缴纳城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加。
二、土地增值税
根据《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》(国税函〔2010〕220号)第一条、第六条，《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》(国税发〔2006〕187号)第三条规定，土地储备机构将安置房产权转移登记至原权属人(被征收方)，应视同销售计算征收土地增值税。土地增值税视同销售的应税收入按照拆迁补偿协议约定的补偿价格确定，没有约定补偿价格或约定补偿价格明显偏低的，按照本机构在同一地区、同一年度销售的同类房地产的平均价格确定，或者由主管税务机关参照当地当年、同类房地产的市场价格或评估价值确定。对已全额开具商品房销售发票的，按照发票所载金额确认土地增值税视同销售应税收入。
三、印花税
《财政部 国家税务总局关于棚户区改造有关税收政策的通知》(财税〔2013〕101号)第一条与《国务院办公厅关于在超大特大城市积极稳步推进城中村改造的指导意见》(国办发〔2023〕25号)第三条关于“符合条件的城中村改造项目适用现行棚户区改造有关税费支持政策”规定，对改造安置住房经营管理单位、开发商与改造安置住房相关的印花税予以免征。
四、企业所得税
安置房转移取得补偿收入的，应确认企业所得税收入。安置房无偿转移的，根据《关于企业处置资产所得税处理问题的通知》(国税函〔2008〕828号)第二条和《国家税务总局关于企业所得税有关问题的公告》(国家税务总局公告2016年第80号)，企业将资产移送他人，应按规定以公允价值视同销售确定收入。
《财政部 国家税务总局关于专项用途财政性资金企业所得税处理问题的通知》(财税〔2011〕70号)第二条“不征税收入用于支出所形成的费用，不得在计算应纳税所得额时扣除；用于支出所形成的资产，其计算的折旧、摊销不得在计算应纳税所得额时扣除。”
3.3 改造主体公司
对于按照模式2(安置房用地划拨给改造主体公司，安置房权属首次登记在改造主体公司名下)，改造主体公司涉及的各税费按以下方式处理：
3.3.1 安置房用地取得和建设环节
一、契税
改造主体公司以划拨方式取得安置房建设地块的国有建设用地使用权，不属于《中华人民共和国契税法》第二条所称的以土地使用权出让或转让的方式转移土地权属，不征契税。
二、城镇土地使用税
《财政部 国家税务总局关于棚户区改造有关税收政策的通知》(财税〔2013〕101号)第一条与《国务院办公厅关于在超大特大城市积极稳步推进城中村改造的指导意见》(国办发〔2023〕25号)第三条关于“符合条件的城中村改造项目适用现行棚户区改造有关税费支持政策”规定，对改造安置住房建设用地免征城镇土地使用税。
《财政部 税务总局 住房城乡建设部关于保障性住房有关税费政策的公告》(财政部 税务总局 住房城乡建设部公告2023年第70号)第一条规定，对保障性住房项目建设用地免征城镇土地使用税。
三、印花税
《财政部 国家税务总局关于棚户区改造有关税收政策的通知》(财税〔2013〕101号)第一条与《国务院办公厅关于在超大特大城市积极稳步推进城中村改造的指导意见》(国办发〔2023〕25号)第三条关于“符合条件的城中村改造项目适用现行棚户区改造有关税费支持政策”规定，对改造安置住房经营管理单位、开发商与改造安置住房相关的印花税予以免征。
四、企业所得税
《国家税务总局关于企业所得税应纳税所得额若干问题的公告》(国家税务总局公告2014年第29号)第一条“(一)县级以上人民政府(包括政府有关部门,下同)将国有资产明确以股权投资方式投入企业，企业应作为国家资本金(包括资本公积)处理。该项资产如为非货币性资产，应按政府确定的接收价值确定计税基础。(二)县级以上人民政府将国有资产无偿划入企业，凡指定专门用途并按《财政部 国家税务总局关于专项用途财政性资金企业所得税处理问题的通知》(财税〔2011〕70号)规定进行管理的，企业可作为不征税收入进行企业所得税处理。其中，该项资产属于非货币性资产的，应按政府确定的接收价值计算不征税收入。县级以上人民政府将国有资产无偿划入企业，属于上述(一)、(二)项以外情形的，应按政府确定的接收价值计入当期收入总额计算缴纳企业所得税。政府没有确定接收价值的，按资产的公允价值计算确定应税收入。”
《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第五十八条第二款、第五款“自行建造的固定资产，以竣工结算前发生的支出为计税基础”、“通过捐赠、投资、非货币性资产交换、债务重组等方式取得的固定资产，以该资产的公允价值和支付的相关税费为计税基础”。
3.3.2 安置房移交环节
一、增值税及附加税费
《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税〔2016〕36号)第十四条、第四十四条规定，改造主体公司将安置房转移登记至原权属人(被征收方)，应按照视同销售的相关规定征收增值税。同时按相关规定缴纳城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加。
二、土地增值税
根据《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》(国税函〔2010〕220号)第一条、第六条，《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》(国税发〔2006〕187号)第三条规定，改造主体公司将安置房产权转移登记至原权属人(被征收方)名下，应视同销售计算征收土地增值税。土地增值税视同销售的应税收入按照拆迁补偿协议约定的补偿价格确定，没有约定补偿价格或约定补偿价格明显偏低的，按照本机构在同一地区、同一年度销售的同类房地产的平均价格确定，或者由主管税务机关参照当地当年、同类房地产的市场价格或评估价值确定。对已全额开具商品房销售发票的，按照发票所载金额确认土地增值税视同销售应税收入。
三、印花税
《财政部 国家税务总局关于棚户区改造有关税收政策的通知》(财税〔2013〕101号)第一条与《国务院办公厅关于在超大特大城市积极稳步推进城中村改造的指导意见》(国办发〔2023〕25号)第三条关于“符合条件的城中村改造项目适用现行棚户区改造有关税费支持政策”规定，对改造安置住房经营管理单位、开发商与改造安置住房相关的印花税予以免征。
四、企业所得税
安置房转移取得补偿收入的，应确认企业所得税收入。安置房无偿转移的，根据《关于企业处置资产所得税处理问题的通知》(国税函〔2008〕828号)第二条和《国家税务总局关于企业所得税有关问题的公告》(国家税务总局公告2016年第80号)，企业将资产移送他人，应按规定以公允价值视同销售确定收入。
《财政部 国家税务总局关于专项用途财政性资金企业所得税处理问题的通知》(财税〔2011〕70号)第二条“不征税收入用于支出所形成的费用，不得在计算应纳税所得额时扣除；用于支出所形成的资产，其计算的折旧、摊销不得在计算应纳税所得额时扣除。”
3.4 原权属人(被征收方)
一、契税
根据《中华人民共和国契税法》(中华人民共和国主席令第五十二号)第七条第(一)款和《广东省人民代表大会常务委员会关于广东省契税具体适用税率等事项的决定》(广东省第十三届人民代表大会常务委员会公告第86号)第二条规定，选择货币补偿后，重新承受土地、房屋权属，价格不超过货币补偿的，免征契税；超出货币补偿的，对超出部分征收契税。选择房屋产权调换、土地使用权置换，不支付差价的，免征契税；支付差价的，对差价部分征收契税。
二、印花税
《财政部 国家税务总局关于棚户区改造有关税收政策的通知》(财税〔2013〕101号)第一条与《国务院办公厅关于在超大特大城市积极稳步推进城中村改造的指导意见》(国办发〔2023〕25号)第三条关于“符合条件的城中村改造项目适用现行棚户区改造有关税费支持政策”规定，对购买安置住房的个人涉及的印花税予以免征。
4 安置房分配环节
原权属人(被征收方)为村集体经济组织、村民时，安置房建设完成后一般移交并将权属登记到村集体经济组织名下，村集体经济组织需按照拆迁补偿协议分配至村民名下。
4.1 村集体经济组织
一、增值税
根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税〔2016〕36号)规定，属于村集体经济组织代村民个人先取得确权，再分别确权到村民个人，实质为改造主体公司或土地储备机构直接确权到村民名下，不属于增值税征税范围。
二、土地增值税
根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第二条规定，如安置房用地为集体性质，分配环节不属于土地增值税范围。如安置房用地为国有性质，属于村集体经济组织代村民办理房屋确权登记，没有取得收入，不征收土地增值税。
三、企业所得税
根据《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例规定，对于村集体经济组织代村民个人报建，村集体经济组织按照代收处理不计入村集体经济组织固定资产的，不确认为村集体经济组织收入。
4.2 村民
一、契税
(一)根据《广东省人民代表大会常务委员会关于广东省契税具体适用税率等事项的决定》(广东省第十三届人民代表大会常务委员会公告第86号)第二条规定，选择货币补偿后，重新承受土地、房屋权属，价格不超过货币补偿的，免征契税；超出货币补偿的，对超出部分征收契税。选择房屋产权调换、土地使用权置换，不支付差价的，免征契税；支付差价的，对差价部分征收契税。
(二)经村集体经济组织或主管部门确认，与被拆迁人属于宅基地“一户一宅”的共同成员，按照拆迁补偿协议取得安置房，参照本部分前述(一)款规定处理。可提供如下资料佐证：改造主体公司、村集体经济组织等村民自治组织联合出具的书面材料(列明宅基地权属登记人及一户一宅共同成员关系、房屋份额分配等内容)。
二、个人所得税
根据《财政部 国家税务总局关于城镇房屋拆迁有关税收政策的通知》(财税〔2005〕45号)规定，对被拆迁人按照国家有关规定的标准取得的拆迁补偿款(包括村民“弃产”取得的收入)，免征个人所得税。
5 成本偿还环节
改造主体公司完成征收补偿安置与“通平”工作后，办理完成原权属人产权注销，向土地储备机构申请交储入库；并完成复建安置房建设、市政基础设施和公共服务设施建设等工作后，对于改造主体公司已实际支付的征拆和建设资金等相关费用，市住房城乡建设局会同相关区人民政府和改造主体，根据城中村改造投资进度(含工程项目进度费和征收补偿费)，明确年度还本付息需求；市财政局会同市规划和自然资源局、市住房城乡建设局，统筹安排还款资金来源，组织改造主体偿还城中村改造专项借款。对于改造主体为区属国企主导的，由各区人民政府组织财政、住房城乡、规划和自然资源等主管部门，参照市级流程办理。
5.1取得征拆资金
改造主体公司取得政府相关部门统筹安排的征拆资金(包括对应的专项借款利息)，涉及税费处理规定：
一、增值税及附加税费
《中华人民共和国土地管理法》、《国有土地上房屋征收与补偿条例》(国务院令第590号)、《广州市城中村改造条例》(广州市第十六届人民代表大会常务委员会公告第34号)、《广州市人民政府办公厅关于印发广州市农民集体所有土地征收补偿办法的通知》(穗府办规〔2023〕3号)、《广州市人民政府关于印发广州市国有土地上房屋征收与补偿实施办法的通知》(穗府规〔2021〕2号)规定属地政府是征收范围内的土地、房屋征收(收回)的实施主体，负责办理征收公告，是征收补偿安置的责任主体。改造主体公司向被征收方支付拆迁补偿费，如能提供佐证资料证明属于替属地政府代为支付拆迁补偿费的，改造主体公司从政府相关部门取得的前期已实际支付的征拆资金属于收回代垫款，其收取的该部分款项不属于增值税征收范围，不开具增值税发票。
二、印花税
《财政部 国家税务总局关于棚户区改造有关税收政策的通知》(财税〔2013〕101号)第一条与《国务院办公厅关于在超大特大城市积极稳步推进城中村改造的指导意见》(国办发〔2023〕25号)第三条关于“符合条件的城中村改造项目适用现行棚户区改造有关税费支持政策”规定，对改造安置住房经营管理单位、开发商与改造安置住房相关的印花税予以免征。
三、企业所得税
《中华人民共和国土地管理法》、《国有土地上房屋征收与补偿条例》(国务院令第590号)、《广州市城中村改造条例》(广州市第十六届人民代表大会常务委员会公告第34号)、《广州市人民政府办公厅关于印发广州市农民集体所有土地征收补偿办法的通知》(穗府办规〔2023〕3号)、《广州市人民政府关于印发广州市国有土地上房屋征收与补偿实施办法的通知》(穗府规〔2021〕2号)规定属地政府是征收范围内的土地、房屋征收(收回)的实施主体，负责办理征收公告，是征收补偿安置的责任主体。改造主体公司向被征收方支付拆迁补偿费，如能提供佐证资料证明属于替属地政府代为支付拆迁补偿费的，改造主体公司从政府相关部门取得的前期已实际支付的征拆资金属于收回代垫款，其收取的该部分款项不属于企业所得税的收入。
5.2 取得建设资金
改造主体公司取得政府相关部门统筹安排的建设资金(包括对应的专项借款利息)，涉及税费处理规定：
一、增值税及附加
模式1的情形1，建设工程的承包人开具发票给改造主体公司，改造主体公司再开具发票给土地储备机构，改造主体公司属于转售相应的应税服务，收到返还的建设资金应按照“建筑服务”征收增值税。同时按相关规定缴纳城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加。
模式1的情形2，建设工程的承包人直接开具发票给土地储备机构，如改造主体公司能提供佐证资料证明属于替属地政府代为支付建设资金的，改造主体公司收回垫付的建设资金，不属于增值税征收范围，不开具增值税发票。
模式2，改造主体公司属于向原权属人(被征收方)销售不动产，销售额按“3.3.2 安置房移交环节”之“增值税及附加税费”的规定确定。同时按相关规定缴纳城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加。
二、印花税
《财政部 国家税务总局关于棚户区改造有关税收政策的通知》(财税〔2013〕101号)第一条与《国务院办公厅关于在超大特大城市积极稳步推进城中村改造的指导意见》(国办发〔2023〕25号)第三条关于“符合条件的城中村改造项目适用现行棚户区改造有关税费支持政策”规定，对改造安置住房经营管理单位、开发商与改造安置住房相关的印花税予以免征。
三、企业所得税
模式1的情形1，建设工程的承包人开具发票给改造主体公司，改造主体公司再开具发票给土地储备机构，改造主体公司收回垫付的建设资金，应按规定确认为收入。承担安置房建设发生的支出与支付的利息，可在计算应纳税所得额时扣除。
模式1的情形2，建设工程的承包人直接开具发票给土地储备机构，如改造主体公司能提供佐证资料证明属于替属地政府代为支付建设资金的，改造主体公司收回垫付的建设资金不属于企业所得税收入，垫付建设资金时亦不允许在企业所得税前扣除。
模式2，改造主体公司向原权属人(被征收方)销售房产，销售房产的收入按“3.3.2 安置房移交环节”之“企业所得税”的规定确定。
5.3 取得征拆补偿工作经费等
改造主体公司因负责征收补偿安置与复建安置房建设、市政基础设施和公共服务设施建设等工作从政府相关部门取得一定比例的征拆补偿工作经费、建设管理费等，涉及税费处理规定如下：
一、增值税及附加
改造主体公司取得的征拆补偿工作经费、建设管理费等收入，应区分其提供的服务性质，属于提供经纪代理服务的(从政府相关部门取得的征拆资金和建设资金属于代为支付性质时)，按照经纪代理服务征收增值税；属于提供建筑服务的，按照建筑服务征收增值税；属于销售不动产的，按照销售不动产征收增值税。同时按相关规定缴纳城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加。
二、印花税
根据《中华人民共和国印花税法》规定，改造主体公司签订的建设工程合同，应按照“建设工程合同”缴纳印花税。
三、企业所得税
改造主体公司取得的征拆补偿工作经费、建设管理费等，应确认为企业所得税的收入。发生与取得收入有关的、合理的支出，可在计算应纳税所得额时扣除。
6 保障房统筹运营环节
为做好城中村改造和保障性住房建设相融合，提高城中村改造品质，增加保障房供给，对城中村改造中涉及安置房结余量的，由市人民政府指定统筹单位(市城建事务中心、广州安居集团或广州机场建投集团等)，将安置房结余量确权给统筹单位，由其经营管理。涉及保障房建设、运营的，相关税费优惠规定如下：
一、增值税及附加税费
《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税〔2016〕36号)、《国家税务总局关于在境外提供建筑服务等有关问题的公告》(2016年第69号)规定，统筹单位的自持物业出租，应按照不动产经营租赁征收增值税，如以长(短)租形式出租酒店式公寓并提供配套服务的，按照住宿服务缴纳增值税。同时按相关规定缴纳城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加。
《关于完善住房租赁有关税收政策的公告》(财政部 税务总局 住房城乡建设部公告2021年第24号)第一条规定，住房租赁企业中的增值税一般纳税人向个人出租住房取得的全部出租收入，可以选择适用简易计税方法，按照5%的征收率减按1.5%计算缴纳增值税，或适用一般计税方法计算缴纳增值税。住房租赁企业中的增值税小规模纳税人向个人出租住房，按照5%的征收率减按1.5%计算缴纳增值税。住房租赁企业向个人出租住房适用上述简易计税方法并进行预缴的，减按1.5%预征率预缴增值税。《关于完善住房租赁有关税收政策的公告》(财政部 税务总局 住房城乡建设部公告2021年第24号)第三条规定，对利用非居住存量土地和非居住存量房屋(含商业办公用房、工业厂房改造后出租用于居住的房屋)建设的保障性租赁住房，取得保障性租赁住房项目认定书后，比照适用第一条规定的税收政策。
《财政部 税务总局关于继续实施公共租赁住房税收优惠政策的公告》(财政部 税务总局公告2023年第33号)规定，对经营公租房所取得的租金收入，免征增值税。公租房经营管理单位应单独核算公租房租金收入，未单独核算的，不得享受免征增值税优惠政策。
《财政部 税务总局 住房城乡建设部关于保障性住房有关税费政策的公告》(财政部 税务总局 住房城乡建设部公告2023年第70号)第五条规定，保障性住房项目免收教育费附加和地方教育附加。
二、土地增值税
《财政部 国家税务总局关于棚户区改造有关税收政策的通知》(财税〔2013〕101号)第二条规定，企事业单位、社会团体以及其他组织转让旧房作为改造安置住房房源且增值额未超过扣除项目金额20%的，免征土地增值税。
《财政部 税务总局关于继续实施公共租赁住房税收优惠政策的公告》(财政部 税务总局公告2023年第33号)第四条规定，对企事业单位、社会团体以及其他组织转让旧房作为公租房房源，且增值额未超过扣除项目金额20%的，免征土地增值税。
《财政部 税务总局 住房城乡建设部关于保障性住房有关税费政策的公告》(财政部 税务总局 住房城乡建设部公告2023年第70号)第二条规定，企事业单位、社会团体以及其他组织转让旧房作为保障性住房房源且增值额未超过扣除项目金额20%的，免征土地增值税。
三、契税
《财政部 国家税务总局关于棚户区改造有关税收政策的通知》(财税〔2013〕101号)第三条与《国务院办公厅关于在超大特大城市积极稳步推进城中村改造的指导意见》(国办发〔2023〕25号)第三条关于“符合条件的城中村改造项目适用现行棚户区改造有关税费支持政策”规定，对经营管理单位回购已分配的改造安置住房继续作为改造安置房源的，免征契税。
《财政部 税务总局关于继续实施公共租赁住房税收优惠政策的公告》(财政部 税务总局公告2023年第33号)第三条规定，对公租房经营管理单位购买住房作为公租房，免征契税。
《财政部 税务总局 住房城乡建设部关于保障性住房有关税费政策的公告》(财政部 税务总局 住房城乡建设部公告2023年第70号)第三条、第四条规定，对保障性住房经营管理单位回购保障性住房继续作为保障性住房房源的，免征契税。对个人购买保障性住房，减按1%的税率征收契税。
四、印花税
《财政部 国家税务总局关于棚户区改造有关税收政策的通知》(财税〔2013〕101号)第一条与《国务院办公厅关于在超大特大城市积极稳步推进城中村改造的指导意见》(国办发〔2023〕25号)第三条关于“符合条件的城中村改造项目适用现行棚户区改造有关税费支持政策”规定，对改造安置住房经营管理单位、开发商与改造安置住房相关的印花税予以免征。
《财政部 税务总局关于继续实施公共租赁住房税收优惠政策的公告》(财政部 税务总局公告2023年第33号)规定，对公租房经营管理单位免征建设、管理公租房涉及的印花税。在其他住房项目中配套建设公租房，按公租房建筑面积占总建筑面积的比例免征建设、管理公租房涉及的印花税；对公租房经营管理单位购买住房作为公租房，免征印花税；对公租房租赁双方免征签订租赁协议涉及的印花税。
《财政部 税务总局 住房城乡建设部关于保障性住房有关税费政策的公告》(财政部 税务总局 住房城乡建设部公告2023年第70号)第一条规定，对保障性住房经营管理单位与保障性住房相关的印花税予以免征。
五、房产税
《关于完善住房租赁有关税收政策的公告》(财政部 税务总局 住房城乡建设部公告2021年第24号)第二条规定，对企事业单位、社会团体以及其他组织向个人、专业化规模化住房租赁企业出租住房的，减按4%的税率征收房产税。《关于完善住房租赁有关税收政策的公告》(财政部 税务总局 住房城乡建设部公告2021年第24号)第三条规定，对利用非居住存量土地和非居住存量房屋(含商业办公用房、工业厂房改造后出租用于居住的房屋)建设的保障性租赁住房，取得保障性租赁住房项目认定书后，比照适用第二条规定的税收政策。
《财政部 税务总局关于继续实施公共租赁住房税收优惠政策的公告》(财政部 税务总局公告2023年第33号)规定，对公租房免征房产税。公租房经营管理单位应单独核算公租房租金收入，未单独核算的，不得享受免征房产税优惠政策。
六、城镇土地使用税
《财政部 国家税务总局关于棚户区改造有关税收政策的通知》(财税〔2013〕101号)第一条与《国务院办公厅关于在超大特大城市积极稳步推进城中村改造的指导意见》(国办发〔2023〕25号)第三条关于“符合条件的城中村改造项目适用现行棚户区改造有关税费支持政策”规定，对改造安置住房建设用地免征城镇土地使用税。在商品住房等开发项目中配套建造安置住房的，依据政府部门出具的相关材料、房屋征收(拆迁)补偿协议或批复的城中村改造方案，按改造安置住房建筑面积占总建筑面积的比例免征城镇土地使用税。
《财政部 税务总局关于继续实施公共租赁住房税收优惠政策的公告》(财政部 税务总局公告2023年第33号)第一条规定，对公租房建设期间用地及公租房建成后占地，免征城镇土地使用税。在其他住房项目中配套建设公租房，按公租房建筑面积占总建筑面积的比例免征建设、管理公租房涉及的城镇土地使用税。
《财政部 税务总局 住房城乡建设部关于保障性住房有关税费政策的公告》(财政部 税务总局 住房城乡建设部公告2023年第70号)第一条规定，对保障性住房项目建设用地免征城镇土地使用税。在商品住房等开发项目中配套建造保障性住房的，依据政府部门出具的相关材料，可按保障性住房建筑面积占总建筑面积的比例免征城镇土地使用税。
七、其他相关规费
《财政部 税务总局 住房城乡建设部关于保障性住房有关税费政策的公告》(财政部 税务总局 住房城乡建设部公告2023年第70号)第五条规定，保障性住房项目免收各项行政事业性收费和政府性基金，包括防空地下室易地建设费、城市基础设施配套费、教育费附加和地方教育附加等。
7其他事项
本指引适用城中村改造拆除新建方式，以及拆整结合方式中拆除新建部分。对于城中村改造的其他方式，比如拆整结合、整治提升以及一二级联动改造等，参照《广州市城市更新税收指引(2021年版)》的规定执行。
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