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各区地方税务局、直征局、外税分局、稽查局、象屿(火炬)分局筹备处：
近接基层局反映，要求对新办货运企业如何审核认定自开票纳税人和自开票纳税人在整改期间实行代开货运发票的税费问题进行统一规范。经研究，现就有关问题明确如下：
一、对申请自开票纳税人的新办企业财务核算情况认定问题
新办货运企业由于刚开始经营，对其能否正确核算营业收入、营业成本、税金、营业利润等暂时无法确定。根据《国家税务总局关于加强货物运输业税收征收管理的通知》(国税发[2003]121号)规定，申请认定为自开票纳税人的单位必须符合下列条件：账簿设置齐全，能按发票管理办法规定妥善保管、使用发票及其他单证等资料，能按财务会计制度和税务局的要求正确核算营业收入、营业成本、税金、营业利润并能按规定向主管地方税务局正常进行纳税申报和缴纳各项税款……考虑到新办企业刚建账，对其财务核算是否健全难以确定，决定对新办货运企业可在办理地方税务登记之日起三个月后审查其账证建立健全情况和财务核算情况，再予以确定是否为自开票纳税人。其在未认定为自开票纳税人之前发生运输劳务，可到税务机关按规定代开货物运输业发票，并按规定在代开时由税务机关扣缴营业税及附加税费、所得税。新办货运企业在认定为自开票纳税人后，其在主管地方税务局代开货物运输业发票时缴纳的税费多于查账征收的部分，可在以后应征税费中抵扣。
二、自开票纳税人在整改期间实行代开货运发票的税费问题
根据《国家税务总局关于加强货物运输业税收征收管理的通知》规定，对年审不合格暂缓通过的自开票纳税人，要求其在3个月内进行整改。整改期间不得自行开具货物运输业发票，如需开具货物运输业发票的由主管地方税务局代开。对整改合格通过年审的自开票纳税人，其在整改期间由主管地方税务局代开货物运输业发票时缴纳的税费多于查账征收的部分，可在以后应征税费中抵扣。 
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