第一条
　　为加强卫生系统内部审计监督，遵守国家财经法规，促进廉政建设，维护单位合法权益，改善经营管理，提高经济效益，根据《中华人民共和国审计法》和《审计署关于内部审计工作的规定》，结合卫生系统的具体情况，特制定本规定。
　　第二条
　　卫生系统内部审计是国家审计体系的组成部分，是卫生行政部门和单位健全内部管理体制和约束机制的重要环节。县级以上卫生行政部门和各类国有卫生企业事业单位以及国家规定的其他单位，应当依照国家法律、法规设立内部审计机构，配备审计人员，建立健全内部审计制度。
　　第三条 下列单位应在机构编制部门核定的机构数额和人员总编制内设立独立的，与本单位财务机构相同级的内部审计机构:
　　(一)审计机关未设派出机构的县级以上卫生行政部门；
　　(二)二级乙等以上的医院和财务收支数额较大的预防保健机构；
　　(三)卫生系统国有大中型企业和国有资产占控制股权或者国有资产占主导地位的大中型企业；
　　(四)卫生部及省级卫生行政部门所属的大、中专院校；
　　(五)财务收支数额较大或者所属单位较多的国家事业单位和社会团体；
　　(六)其他需要设立内容审计机构的单位。
　　审计业务较少的单位，应当设置职级相应的专职内部审计人员。
　　第四条
　　内部审计机构及人员在本单位主要负责人的直接领导下，依照国家法律、法规和政策，以及本部门、本单位的规章制度，对本单位及所属单位的财务经济活动进行内部审计监督，独立行使内部审计监督权，对本单位领导负责并报告工作。
　　第五条
　　卫生行政部门和单位要加强对内部审计工作的领导，定期听取汇报，研究部署工作，及时批复审计报告、审计意见书和审计决定，并督促被审计单位执行。内部审计所需经费应予保证。
　　第六条
　　驻卫生部审计局负责领导卫生部所属单位的内部审计工作，对全国卫生系统内部审计业务进行指导和监督；地方卫生行政部门和各类卫生单位的审计机构负责领导所属单位的内部审计工作，并对本地区卫生系统的内部审计业务进行指导和监督。
　　第七条 卫生行政部门的审计机构依法以本系统内部审计业务指导和监督的职责是:
　　(一)按照法律、法规和有关规章，起草本系统内部审计工作规定，制定本系统内部审计准则；
　　(二)指导和监督有关部门、单位建立健全内部审计机构，配备内部审计人员及按照有关规定进行内部审计工作；
　　(三)开展内部审计理论研究，培训内部审计人员；
　　(四)总结、交流、宣传内部审计工作经验，表彰本系统内部审计先进单位和个人；
　　(五)组织进行行业审计和审计调查。
　　第八条 内部审计机构对本单位及其所属单位的下列事项进行审计:
　　(一)财务计划或者瞀的执行和决定；
　　(二)财政、财务收支及其有关的经济活动；
　　(三)国家财法法规和部门、单位财经规章制度的执行；
　　(四)内部控制制度的建立健全；
　　(五)国有资产购置、使用和管理；
　　(六)经济效益评价和所属单位主要负责人的经济责任；
　　(七)建设项目、修缮工程的预(概)算、决算；
　　(八)经济合同签订和执行；
　　(九)其他审计事项。
　　第九条
　　内部审计机构对本部门、本单位与境内、外经济组织兴办合资、合作经营企业以及合作项目等合同执行情况、资产经营状况及其效益，依照有关规定进行内部审计监督。
　　第十条 内部审计机构应当对经济管理中的重要问题开展审计调查；办理审计机关或者上级内部审计机构交办的审计事项。
　　第十一条 在审计管辖范围内，内部审计机构的主要权限:
　　(一)根据内部审计工作的需要，要求有关单位按时报送计划、预算、决算、报表和有关文件、资料等；
　　(二)审核凭证、帐表、决算，检查资金和财产，检测财务会计软件，查阅有关文件和资料；
　　(三)参加与经济事项有关的会议；
　　(四)对审计涉及的有关事项进行调查，并索取有关文件、资料等证明材料；
　　(五)对正在进行的严重违反财经法规、严重损失浪费的行为，经部门或者单位负责人同意，作出临时制止决定；
　　(六)对阻挠、妨碍审计工作以及拒绝提供有关资料的，经单位领导批准，可以采取必要的临时措施，并提出追究有关人员责任的建议；
　　(七)提出改进管理、提高效益的建议和纠正、处理违反财经法规行为的意见；
　　(八)对模范遵守财经法规的单位和个人给予表扬，对严重违反财经法规和严重损失浪费的直接责任人，提出处理建议；
　　(九)对审计工作的重大事项；按照有关规定向上级内部审计机构或者审计机关反映；
　　(十)部门、单位可以在管理权限范围内，授予内部审计机构经济处理、处罚的权限；
　　(十一)参加部门或者单位对经营成果、财务管理先进单位的评审工作。
　　第十二条 内部审计工作的主要程序:
　　(一)根据上级部署和本部门、本单位的具体情况，拟定审计项目计划，报经本部门、本单位负责人批准后实施；
　　(二)实施审计前，应当通知被审计单位；
　　(三)对审计中发现的一般问题，可以随时向有关单位和人员提出意见和建议；
　　(四)审计终结，写出审计报告并征求被审计单位的意见。被审计单位接到审计报告十日内提出书面意见，送交审计部门。审计部门将审计报告和被审计单位的书面意见一并送领导审批。经批准的审计决定和审计意见，送达被审计单位，被审计单位必须执行和采纳；
　　(五)对主要项目进行后续审计，检查采纳审计意见和执行审计决定的情况；
　　(六)被审计单位对审计意见和审计决定如有异议，可以向内部审计机构所在单位负责人提出，该负责人应当在20日内作出处理意见。
　　第十三条 内部审计机构对办理的审计事项，应当建立审计档案，按照规定管理。
　　第十四条 任免或调动内部审计机构负责人，应当事前征求上级审计主管部门或者单位的意见。
　　内部审计人员应当具备必要的专业知识。
　　内部审计人员专业技术职务资格的考评和聘任，按照国家有关规定执行。
　　内部审计人员可享受外勤补贴。
　　第十五条 内部审计人员应当依法审计、坚持原则、客观公正、忠于职守、谦洁奉公、保守秘密；不得滥用职权、徇私舞弊、玩忽职守。
　　内部审计人员依法行使职权受法律保护，任何组织和个人不得打击报复。
　　第十六条
对违反本规定的单位和个人，由其主管部门或者单位在法定职权范围内，根据情节轻重，给予行政处分、经济处罚，或者提请有关部门处理。
　　第十七条 各部门、各单位可以根据本规定，制定具体实施办法。
　　第十八条 本规定由卫生部负责解释。
　　第十九条 本规定自发布之日起放行。1989年10月31日发布的《卫生系统内部审计工作的规定》同时废止。