一、如何认定房地产转让价格明显偏低？
　　纳税人申报的房地产转让价格低于同期同类房地产平均销售价格30%且无正当理由的，可认定为房地产转让价格明显偏低，主管税务机关应根据《中华人民共和国税收征收管理法》(中华人民共和国主席令第四十九号)及其实施细则、《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》(财税字[1995]6号)的规定核定其房地产转让价格。
　　符合下列条件之一的房地产转让价格明显偏低，视为有正当理由：
　　(一)人民法院判定或裁定的转让价格；
　　(二)以公开拍卖方式转让房地产的价格；
　　(三)政府有关部门确定的转让价格；
　　(四)经主管税务机关认定的其他合理情形。
　　二、房地产开发企业将车库或者停车位转让，其收入和成本如何确认？
　　(一)收入确认的问题
　　1.房地产开发企业与购房人通过签订销售合同出售或者附赠等方式约定，将车位、车库的权属转移给购房人的，取得的收入视同房地产转让收入，并入非普通住房转让收入。
　　2.对售房附赠车库、车位的，若合同中未分别计算房屋和车库、车位的销售价格，不再单独将车库、车位分割出来单独计价；若合同中分别计算房屋和车库、车位的销售价格，则车库、车位的价格作为非普通住宅收入。
　　(二)成本确认的问题
　　无论车库、车位是否拥有产权证，只要签订了销售合同或协议并取得了收入，则销售收入一并计入土地增值税的计税收入，车库的面积计入可售建筑面积，车库、车位相应的开发成本准予扣除。
　　三、土地招投标佣金、房屋测绘费、招标代理服务费在土地增值税清算时应列房地产开发成本还是房地产开发费用？
　　“招拍挂”是政府出让土地的一种方式，对纳税人在土地出让环节支付的“招拍挂”佣金可视为“按国家统一规定交纳的有关费用”，作为“取得土地使用权所支付的金额”在土地增值税清算时据实扣除。
　　在工程建设过程中发生的房屋测绘费、招标代理服务费，属于期间费用，在土地增值税清算时计入房地产开发费用。
　　四、房地产开发企业收取的装修费能否计入房地产开发成本？
　　根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第五条的规定，房地产开发企业收取的装修费同时符合下列情况的，应一律作为销售收入，并按规定扣除相应的装修成本。
　　1.销售合同的房价中明确包含了装修费的；
　　2.销售不动产发票中包含了装修费的。
　　五、如何界定公共配套设施是否属于全体业主所有？
　　《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》(国税发[2006]187号)第四条第三款第一项规定，公共配套设施“建成后产权属于全体业主所有的，其成本、费用可以扣除”，其中 “建成后产权属于全体业主所有的”，可以按照以下原则之一确认：
　　(一)政府相关文件中明确规定属于全体业主所有；
　　(二)经人民法院裁决属于全体业主共有；
　　(三)商品房销售合同、协议或合同性质凭证中注明有关公共配套设施归业主共有，或相关公共配套设施移交给业主委员会。
　　六、如何界定开发间接费用？
　　房地产开发间接费用应严格按照《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》(财法字[1995]6号)第七条第二款第七项的规定界定，“关于直接组织、管理开发项目发生的费用”可按如下标准把握：
　　“直接组织、管理开发项目发生的费用”是指施工现场为组织、管理开发产品而实际发生的费用，对不属于为施工现场服务的部门，如行政管理部门、财务部门、销售部门等发生的费用不得列入。差旅费、会议费等费用也不得列入。
　　七、如何确认土地增值税清算条件中的房地产开发项目是否已竣工验收？
　　《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》(国税发[2006]187号)第二条第二款第一项“已竣工验收的房地产开发项目”中的“已竣工验收”，是指其开发产品符合下列条件之一的情形：
　　(一)开发产品竣工证明材料已报房地产管理部门备案；
　　(二)开发产品已开始投入使用；
　　(三)开发产品已取得初始产权证明。
　　八、如何确认审批项目规划外所建设施发生支出的扣除问题？
　　房地产开发企业在项目建设用地边界外(国家有关部门审批的项目规划外，即“红线”外)为政府建设公共设施或其他工程所发生的支出，凡能提供政府有关部门出具的证明文件确认该项支出与建造本清算项目有直接关联的(含项目的土地使用权取得相关联的)支出，可以计入本项目扣除项目金额。
　　九、纳税人销售商品房时，连同家具一起销售，家具成本如何计算扣除？
　　凡以建筑物或构筑物为载体，移动后会引起性质、形状改变或者功能受损的装修装饰物支出，可以作为开发成本计算扣除。上述之外的其他装修装饰费用支出，如房屋销售中外购的家具、家电支出，若在销售合同中一并计入销售收入，能够提供购进发票的，准予作为“新建房及配套设施的成本”予以扣除，但不作为计入房地产开发费用和财政部规定的其他扣除项目的计算基数。
　　十、如何把握《土地增值税清算管理规程》第二十一条第(一)项“在土地增值税清算中，计算扣除项目金额时，其实际发生的支出应当取得但未取得合法凭据的不得扣除”，其中的“合法凭据”的规定？
　　本条规定是对《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》(国税发[2006]187号)第四条第一款规定的进一步明确，在土地增值税清算中，各项成本、费用要同时符合真实性、合法性才能允许扣除，即实际发生和取得合法凭据。
　　(一)“实际发生”是指纳税人真实发生的经济业务，依据相关合同、协议实际支付款项并取得收付款凭证，在核算成本、费用时，遵循了权责发生制、配比、相关性、确定性、合理性等原则。收付款凭证包括银行和现金付款凭证，若提供的是现金付款凭证，则须提供银行取款单(标注用途)，否则不认定为真实发生。
　　(二)“合法凭证”是指印制、领购、开具(填制内容、方式)符合有关税收和会计法律、法规、规章规定的会计凭证(包括原始凭证和记账凭证)。其中，合法的原始凭证包括套印税务机关发票监制章的发票以及经省级税务机关批准不套印发票监制章的专业发票和财政部门管理的行政性收费收据以及经财政部门、税务部门认可的其他凭证。
　　1.支付给我国境内的单位或个人，且上述单位或个人生产销售的产品或提供的劳务发生在一般生产经营领域中属于营业税或增值税等税收征税范围的，开具的发票为唯一合法有效凭证。如，对于经过法院拍卖而取得的房产，也应该由出卖人依法开具发票作为税收的合法凭证。
　　2.对不属于正常生产经营领域而支付给我国境内的行政事业单位的，且上述单位收取的属于国家或省级财税部门列入不征税名单的行政事业性收费(基金)，以其所开具的财政收据为合法有效凭证。如，规划部门收取的市政设施配套费开具的行政事业性收据则为合法凭证。
　　3.对支付给我国境外的单位或个人的购货款，以上述单位或个人的签收单据为合法有效凭证；对支付给我国境外的单位或个人的非购货款，以纳税人所在地主管税务机关开具的售付汇凭证为合法有效凭证。单位和个人从中国境外取得的与纳税有关的发票或者凭证，税务机关在纳税审查时有疑义的，可以要求其提供境外公证机构或者注册会计师的确认证明，经税务机关审核认可后，方可作为合法的记账核算凭证。
　　4.经国家税务总局或省地方税务局确认的其他合法有效凭证。如，根据纳税人发生的财产非常损失或评估损失时，应由相关的税务机关确认后出具的税收证明作为合法的凭证。
　　5.其他符合相关税收政策的会计凭证。如企业支付给工人发生的支出时，根据工人的工资发放表(收款人签字确认或银行支付证明)结合劳动合同进行确认。
　　6.发生在我国境内，不属于发票或行政事业性收据管理范围，实在无法取得正式发票(行政事业收据)的客观条件下，结合实际情况，以合同(协议)、收据、收款证明等相关材料作为企业入账凭证，如：支付给个人的青苗补偿费，结合相关证明材料，收款人的收款收据即可确认为合法凭证。
　　十一、如何确认清算后再转让房地产的扣除项目金额？
　　在土地增值税清算时未转让的房地产，清算后销售或有偿转让的，纳税人应按规定进行土地增值税的纳税申报，扣除项目金额分别按清算时的普通住宅、非普通住宅单位建筑面积成本费用乘以销售或转让面积计算。
　　(普通住宅或非普通住宅)单位建筑面积成本费用=(普通住宅或非普通住宅)清算时的扣除项目金额÷(普通住宅或非普通住宅)清算的已售建筑面积
　　其中，上述计算中的扣除项目金额不包括清算时的转让房地产有关的税金。本次与转让房地产有关的营业税及附加准予在清算后再转让的扣除项目中进行扣除。
　　十二、如何确认清算后再转让房地产的销售收入？
　　在土地增值税清算时未转让的房地产，清算后销售或有偿转让的，纳税人应按规定进行土地增值税的纳税申报，其销售收入的确认应遵循以下原则：
　　(一)采取一次性全额收款或分期收款方式销售开发产品的，于实际收讫首笔价款或取得索取营业收入款项凭据的当天确认收入的实现，并按照合同约定的总价款确定销售收入。
　　(二)采取银行按揭方式销售开发产品的，于销售合同或协议约定收取首付款之日确认收入的实现，并按合同约定的总价款确定销售收入。
　　(三)采取委托方式销售开发产品的，按以下原则确认收入的实现：
　　1.采取支付手续费方式委托销售开发产品的，按销售合同或协议中约定的价款于收到受托方已销开发产品清单之日确认收入的实现，并按合同约定的总价款确定销售收入。
　　2.采取视同买断方式委托销售开发产品的，于收到受托方已销开发产品清单之日确认收入的实现，并按销售合同或协议约定的价格和买断价格孰高原则确定销售收入。
　　3.采取基价(保底价)并实行超基价双方分成方式委托销售开发产品的，应于收到受托方已销开发产品清单之日确认收入的实现，并按销售合同或协议约定的价格和保底价孰高原则确认销售收入。
　　十三、对土地增值税清算过程中因调整销售收入涉及补缴营业税及附加的，在企业未补缴的情况下，清算时是否允许扣除应缴未缴营业税及其附加税费？
　　土地增值税清算过程中因调整销售收入涉及补缴营业税及附加的，应将其列入扣除项目金额的“与转让房地产有关的税金”进行扣除。
　　十四、一个项目中既有装修房屋，又有毛坯房，该如何分配装修成本？
　　对于同一项目中同时开发普通住房和非普通住房，且商品房中既有装修房，又有毛坯房的，装修成本按建筑面积分摊法在普通住房和非普通住房之间进行分配。
　　十五、建筑安装成本等房地产开发成本偏高如何处理？
　　对房地产开发企业办理土地增值税清算所附送的前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、开发间接费等凭证或资料不符合清算要求或不实的，可采取以下任何一种方式处理：
　　(一)税务机关可参照当地建设工程造价管理部门公布的建安造价定额资料，结合房屋结构、用途、区位等因素，核定上述四项开发成本的单位面积金额标准，并据以扣除；
　　(二)税务机关可委托价格认证机构(中心)、造价师事务所或其他具有资质的第三方中介机构进行鉴证，并经税务机关确认的建安成本可予以扣除。