各地、州、市国家税务局：
　　为进一步规范增值税一般纳税人运输费用进项税额抵扣管理，现就有关问题明确如下，请结合云国税发[1999]332号文件及有关规定一并遵照执行。
　　一、对增值税一般纳税人购、销货物或发生应税劳务支付运输费用，取得的运费结算单据有下列情形之一的，其支付的运输费用不得计算进项税额抵扣：
　　(一)取得非承运单位开具或代开的运费发票；
　　(二)取得由货运中介机构开具的“全国联运行业货运统一发票”；
　　(三)实行“一口价”的集装箱运费。
　　“一口价”集装箱运费是提铁路货物运营费用和铁路建设基金以及各种发、到站运杂费的计价总和，上述各种费用在铁路货票上不单列反映。
　　二、增值税一般纳税人向基层主管国税机关申报运费进项税额抵扣，凡没有购(销)货物发票或不能提供应税劳务有效票据以及票证章戳不齐全的，不予计算进项税额抵扣；运费结算单据的各项内容填写不实以及与购(销)货物发票或提供应税劳务有效票据的各项内容不符的，不予计算进项税额抵扣。
　　三、基层主管国税机关在审核运费抵扣时，必须严格按规定审核后，才能批准抵扣。
　　四、原有关规定与本通知不一的。改按本通知执行。
　　五、本通知自2003年9月1日起执行。

　　2004年4月29日发布的《云南省国家税务局关于铁路集装箱运费进项税额抵扣问题的通知》规定如下：
各地、州、市国家税务局：
　　最近部分地区反映，《云南省国家税务局关于运输费用进项税额抵扣问题的补充通知》(云国税函[2003]898号)关于“实行‘一口价’集装箱运费不得计算抵扣增值税”的规定不尽合理。经研究，现就有关问题明确如下，请遵照执行。
　　一、增值税一般纳税人购进或销售货物(按规定不允许抵扣进项税额的货物除外)所支付的集装箱运费，允许按其取得铁路运输部门开具的铁路“货票”上注明的集装箱运费金额的80%计算抵扣进项税额。
　　二、原有关规定与本通知不一致的，改按本通知执行。

因如下法规，上述法规第一条第(三)款“一口价集装箱运费”废止：

发文标题：云南省国家税务局关于发布失效或废止的税收规范性文件目录的通知
发文文号：云国税函[2007]574号
发文部门：云南省国家税务局
发文时间：2007-9-6
实施时间：2007-9-6

上述法规因如下原因被全文废止：
发文标题：云南省国家税务局关于发布失效或废止增值税税收规范性文件目录的通知
发文文号：云国税函[2009]415号
发文部门：云南省国家税务局
发文时间：2009-8-27
实施时间：2009-1-1